約翰維克經歷上集的事件後，繼續與驅逐他的殺手組織「高桌會」展開對抗，隨著懸賞金額的不斷飆升，約翰維克將迎來他殺手生涯最強大的對手……。

在最終戰役後已經過了 60 年，被母體復活的湯姆斯安德森成為了一個以《駭客任務三部曲》聞名於世的遊戲設計師，然而在遊戲中的影像卻讓安德森越來越分不清夢境與現實，...

母體所派出的烏賊大軍終於抵達錫安城防線，與人類防衛部隊展開戰鬥，與此同時，身為救世主的尼歐與崔妮蒂決定前往機器城市與造物主談判，以消滅史密斯這個不受母體拘束的存...

成為救世主的尼歐雖然在母體中擁有了超人般的能力，卻開始夢到崔妮蒂在戰鬥中死去的預知夢，與此同時，母體已經鎖定錫安城的位置並準備發動進攻，莫婓斯一行人決定相信祭師...

湯瑪斯·安德森是個軟體工程師，在網路中則是個人稱尼歐的有名駭客，一直認為這世界不真實卻說不出哪裡奇怪的他，某天突然接到了來自莫婓斯的神秘電話，並給了一個二選一的...