成為救世主的尼歐雖然在母體中擁有了超人般的能力，卻開始夢到崔妮蒂在戰鬥中死去的預知夢，與此同時，母體已經鎖定錫安城的位置並準備發動進攻，莫婓斯一行人決定相信祭師...