在一次拯救外星人挾持人質的行動中，雖然進次郎成功救出了人質，但卻因為無法控制好自己的力量而造成了無謂的破壞，井手與早田察覺到了異樣，認為這是因為進次郎不斷進化的...

在超人力霸王離開地球的數十年後，曾經與超人力霸王同化的早田進發現兒子進次郎繼承了自己體內的超人基因，而科學特搜隊也為了保護這對父子而秘密運行至今，在維持了數十年...

在紐約突然發生了多起人群集體消失事件，關注此事的記者光太郎獨自蒐集情報，準備在回到日本後向科特隊提供消息，然而就在前往的路上，突然出現外星人大鬧現場，緊接著路人...

數十年前，來自星際的光之巨人為世界帶來了和平，隨後悄然離去，曾與光之巨人同化而擁有了超人力量的早田進，在往後的日子發現兒子進次郎也繼承了超人的力量，為了保護父子...